Ekspansja Islamu
Jednak terytorialna ekspansja islamu, najpierw Seldżuków, a potem imperium osmańskiego, w Azji Mniejszej ograniczyła wpływy prawosławia na wielu obszarach. Turcy nie poprzestali na Azji Mniejszej i stopniowo opanowali całą południowo-wschodnią Europę, a najbardziej spektakularnym dowodem ich obecności w Europie było zdobycie Konstantynopola w 1453 r. Upadek stolicy oznaczał ostateczny koniec istnienia cesarstwa bizantyjskiego. Grecja i sąsiadujące obszary znalazły się na wiele stuleci pod panowaniem muzułmańskiego imperium osmańskiego, a prawosławie obrządku greckiego stało się wyłącznie religią Greków. Zresztą okres niewoli tureckiej nie doprowadził do masowego odchodzenia Greków od religii przodków. Turcy nie podejmowali żadnych zdecydowanych działań, by nawracać Greków na islam. Być może zdawali sobie sprawę, że uczucia narodowe i przywiązanie do narodowej religii są w Grecji zbyt silne. Co ciekawe, patriarcha Konstantynopola zachował władzę świecką nad chrześcijanami na Wschodzie do 1923 roku, kiedy to parlament turecki uznał Ekumeniczny Patriarchat Prawosławny za instytucję o charakterze wyłącznie religijnym.